El conjunto de espacios naturales protegidos acogidos a cualesquiera de estas figuras suponen aproximadamente el 18% del territorio de la Comunidad Autónoma. La mayoría de esta superficie la ocupan los Parques Naturales, a los que hay que añadir el emblemático Parque Nacional de Doñana y el recientemente declarado Parque Nacional de Sierra Nevada, enclavado en uno de los grandes sistemas orográficos de España, el Bético, donde se encuentra el pico más elevado de la Península Ibérica, el Mulhacén.

Los Parques Naturales corresponden en gran medida a espacios montañosos, entre los que destaca el Parque Natural más extenso de España, las Sierras de Cazorla, Segura y Las Villas, áreas boscosas como Grazalema y Sierra de las Nieves, donde encontramos masas de pinsapos únicos en todo el mundo, y áreas litorales como el Cabo de Gata-Níjar almeriense.

Las llamadas Reservas Naturales son en su mayoría enclaves húmedos de menor extensión que los Parques, pero de enorme importancia para la flora y la fauna, especialmente las aves.

Otros ámbitos protegidos menos extensos pero de importancia singular son los Parajes Naturales, cuya interesante variedad incluye desde las fabulosas formaciones de roca kárstica del Torcal de Antequera, hasta Tabernas, en Almería, el único desierto existente en el continente europeo.